业务流程重组带来的风险。将物流外包给第三方，必然会改变企业的运作流程，企业要进行业务流程重组，要将面向职能的管理改变为面向流程的管理。这个过程很可能对职能部门的业务及员工的生存产生影响，如:物流外包意味着职能部门目前从事的工作很可能会被第三方物流所取代，一些员工可能被解雇，因此可能遭到企业内部员工的抵制，如果业务流程重组的各个环节处理不当，就会对企业正常的生产经营产生负面影响，这对企业的管理者来说意味着一个非常大的风险。
企业战略被泄密的风险。对企业来说，为了保持其竞争优势，特别需要将诸如原材料供应、生产流程、技术工艺、销售网络等战略运营要素保持一定的隐秘性。企业采用第三方物流后，由于双方合作的紧密性以及提高物流效率的需要，通常要求双方的信息平台对接，实现有关信息共享，其中不乏企业的大量机密战略信息，如销售策略、产品更新等。这样，从渠道调整到市场策略，从经营现状到未来预期，从产品转型到顾客服务策略，第三方物流企业都可能得到客户企业相关的信息，从而对客户企业的企业战略也就通常有很深的认识。最令企业担心的是，在某一行业专业化程度高、占有较高市场份额的第三方物流企业往往会拥有该行业诸多企业的客户，而它们正是企业的竞争对手，第三方物流企业与客户企业的信息共享可能会导致企业的运营情况通过第三方物流企业而泄露给竞争对手。
风险防范
企业在选择物流外包时应当充分地考虑到外包所带来的各种风险，并结合企业自身的实际情况，采取有效的措施防范风险的发生。
正确理解物流外包。企业在管理物流时，首先要配合企业的发展战略来制定企业的物流发展战略。外包的目的究竟是降低成本还是改善运作质量，或是提升客户服务水平，然后是分析企业自身的物流成本并与物流外包成本进行比较，这是物流外包的前提条件。企业在看清自身物流状态后，一旦决定将物流外包，还要深入考虑以下问题:如何在无缝衔接的基础上，调整业务流程，进行职能变革;如何持续有效地监控外包物流;企业文化是否鼓励创新与变革;企业领导和员工对变革持何种态度等。
严格筛选物流供应商。物流外包决策中很重要的一个问题是包给谁的问题，即物流供应商的选择。首先需要对外部的潜在物流供应商进行调查、分析、评价，调查物流供应商的管理状况、战略导向、信息技术支持能力、自身的可塑性和兼容性、行业运营经验等，评价其从事物流活动的成本状况，评价其长期发展能力，评价其信誉度等。特别是对于物流供应商的承诺和报价，企业务必认真分析衡量。报价应根据物流供应商自身的成本确定，而非依据市场价格，报价不仅仅是一个总数，应包括各项作业的成本明细。对于物流外包的承诺尤其是涉及政府政策或物流供应商战略方面的项目，必须来自物流供应商最高管理者，避免在合约履行过程中出现对相关条款理解不一致的现象。在评价的基础上，对潜在的多个物流外包伙伴进行比较，从中选择最适合企业需要的物流企业。
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